Муха 1 (1986) - Главным героем становится учёный и изобретатель по имени Сет Брандл. Он приглашает журналистку Веронику Квайф в свою лабораторию, для того чтобы показать свою научную работу. Долго обсуждая новинку мужчина предлагает девушке стать его хроникером и записывать всё самое важное в виде интервью.
Проходит время, и между молодыми людьми разгораются чувства. Но Сет совершает большую ошибку. Он решается провести эксперимент по телепортации на себе. Произошли сбои, в последствие которым компьютер произвел слияние мухи с главным героем. Он начинает мутировать. Ситуацию усложняет новость об беременности девушки...

Муха 2 (1989) - Главный герой является сыном ученого по имени Сет Брандл. Именно ему удалось на генетическом уровне слиться с мухой. Мартин растёт и развивается гораздо быстрее сверстников, при этом за ним ведётся ежедневная слежка. По исполнению пяти лет, когда организм был сформирован, Мартин принимает решение продолжить дело отца не догадываясь кем его отец является на само деле. Спустя время взрослый парень начинает отношения с Бет Логан, которая является его напарницей в лаборатории. Ставши ещё старше главный герой начинает замечать за собой изменения и узнаёт про мутацию которая передалась ему от отца. Он бросает все силы на решение это проблемы, но времени всё меньше...